慢性肠炎的病因较多，主要包括遗传、受到感染、急性肠炎治疗不彻底、过度劳累、免疫失衡等。
1、遗传
如果家族成员直系亲属中有人患有克罗恩病、溃疡性结肠炎等疾病，则会导致后代增加患有慢性肠炎的发病几率。
2、受到感染
不洁饮食，或者患有全身感染性疾病等原因，有可能造成细菌、病毒、真菌等病原体感染，引发慢性肠炎。
3、急性肠炎治疗不彻底
患有急性肠炎时如果没有得到及时有效的治疗，有可能造成疾病长期存在。随着疾病的逐渐发展，会演变为慢性肠炎。
4、过度劳累
长期过度劳累时会导致机体免疫力下降，容易受到细菌、病毒等病原体感染，诱发慢性肠炎。
5、免疫失衡
免疫失衡时会导致肠道保护屏障受到损害，使肠道炎症持续性存在。随着炎症的加重，有可能会诱发慢性肠炎。
