枕大池蛛网膜囊肿手术有一定的危险，但是危险性比较小。
枕大池蛛网膜囊肿多数情况下是先天性的发育异常，属于良性疾病，增长比较缓慢或不会增长，不需要特殊治疗。但有少数枕大池蛛网膜囊肿，由于体积比较大，容易对周围组织造成压迫，还容易引起脑积水或癫痫，出现头晕、恶心、呕吐、意识障碍等症状，需采取手术治疗，手术可选择微创治疗，创伤比较小，手术的危险系数也比较低。部分患者无法采取微创手术治疗，需采取开放性手术将囊肿切除，手术有一定的危险性，但危险性通常不是很大，术后若愈合比较良好，一般7天左右可拆线。
另外，枕大池蛛网膜囊肿手术前，需要接受全身体格、血常规、凝血功能、心电图等检查，排除手术禁忌症降低手术发生危险的几率。
