过敏性结膜炎，滴眼药水疼可能是生理因素引起的，也可能是药物过敏、结膜破损的病理因素所导致，可以通过一般治疗、药物治疗的方法缓解。具体分析如下：
一、生理因素
一般情况下，结膜和角膜都有血管和神经，当眼睛表面接触到有刺激性的滴眼药时，可能会出现疼痛的症状。通常属于正常的生理现象，会随时间的推移逐渐缓解。
二、病理因素
1、药物过敏
如果患者对眼药水中的成分过敏，在滴入眼睛后可能会出现眼睛刺痛的感觉。此时应及时停止用药，患者可以在医生的指导下使用依巴斯汀片、氯雷他定片等药物治疗。
2、结膜破损
若过敏性结膜炎的症状比较严重，可能会导致结膜破损，就可能在使用眼药水时加重局部疼痛、肿胀等症状。患者可以遵医嘱使用妥布霉素滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等药物治疗。
除以上原因外，还有其他原因，如炎症刺激、眼睛感染、过敏，建议患者及时前往医院就诊，完善相关检查，明确诊断后积极进行相应的治疗，避免延误病情。
