试管婴儿移植停药后第二天少量出血，可能是生理因素导致的，也可能是病理因素导致的，如尿道黏膜受损、膀胱炎等，需要进行针对性治疗，具体分析如下：
一、生理因素
胚胎移植后可能会出现着床性出血，此时，胚胎和子宫接触，就会有少量出血的现象发生。这是一种正常的生理现象，一般无需过于担心。
二、病理因素
1、尿道黏膜受损
如果使用的药物对自身造成刺激，可能会刺激尿道，导致尿道黏膜受损，从而出现这种现象。可以在医生的指导下服用盐酸双氯芬钠胶囊、布洛芬缓释胶囊等药物进行治疗。
2、膀胱炎
如果在胚胎移植后没有进行正确的护理，可能会导致病原体入侵膀胱，从而造成膀胱炎。此时可以在医生的指导下服用盐酸克林霉素片、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗。
除上述外，阴道炎、盆腔炎、子宫内膜炎等都会导致这种现象出现，建议及时前往医院就诊，以免耽误最佳治疗时间。
