一般情况下，头孢曲松钠和头孢噻肟钠都是第三代头孢菌素类抗生素，区别主要在于结构、功效、药代动力学等方面。具体分析如下：
1、结构
头孢曲松钠和头孢噻肟的化学结构相似，但头孢噻肟钠含N-甲基硫四氮唑侧链，头孢曲松钠含N-甲硫三嗪环。
2、功效
头孢噻肟钠可用于敏感细菌所致的肺炎及其他下呼吸道感染、尿路感染、脑膜炎、败血症、腹腔感染、盆腔感染、皮肤软组织感染、生殖道感染、骨和关节感染等情况；可以作为小儿脑膜炎的选用药物。头孢曲松钠可用于敏感致病菌所致的下呼吸道感染、尿路、胆道感染，以及腹腔感染、盆腔感染、皮肤软组织感染、骨和关节感染、败血症、脑膜炎等及手术期感染预防，单剂可治疗单纯性淋病。
3、药代动力学
头孢噻肟钠的半衰期约为1小时左右，蛋白结合率较头孢曲松钠低，大部分经肾脏排泄，少量经胆汁排泄。头孢曲松钠的半衰期约为8小时左右，蛋白结合率较头孢噻肟钠高，主要经肾脏及胆汁排泄。
除以上常见的区别外，它们的抗菌谱也存在着差别，头孢曲松钠比头孢噻肟钠的抗菌谱稍广一些，应遵医嘱选择合适的药物。在使用这些药物时，应该注意遵循医生的指导，避免滥用和误用，以免产生不良反应和耐药性。
