桥本氏甲状腺炎是指免疫系统攻击患者自身甲状腺组织而引起的疾病，其病因目前尚未明确，考虑为环境、遗传等因素而引起。
1、饮食
患者日常碘摄入过量，特别是沿海地区的居民长期使用加碘盐，或者长期食用海鲜、海带以及菠菜等，也可诱发桥本甲状腺炎；另外患者体内维生素D缺乏，特别严格的素食主义人群，经常以谷物为主，可导致体内维生素D缺乏，诱发桥本氏甲状腺炎。
2、环境因素
血浆硒水平和甲状腺抗体的浓度密切相关，所以长期硒元素缺乏也有可能会诱发桥本氏甲状腺炎；日照时间不足的城市，可导致患者体内维生素D缺乏，而诱发疾病。
3、遗传因素
根据相关研究证实，同卵双胞胎同时患有桥本氏甲状腺炎的可能性大概是在29~55%之间。其中50%自身免疫性甲状腺炎患者的家属，抗甲状腺抗体也为阳性。某些基因改变与桥本氏甲状腺炎相关，如编码甲状腺球蛋白的基因突变。
