孕酮并没有什么时候吃最好的说法，临床往往因为不同的原因而服用孕酮，采用孕酮的时间和使用孕酮的天数也有所不同，具体使用方法应在医生的指导下进行。
在临床上孕酮可以治疗由于孕激素不足导致的月经周期缩短，以及月经周期紊乱、月经后半期出现出血，都可以用孕酮治疗，这种情况建议在排卵之后口服。如果孕酮是用来治疗不孕不育，在临床上由于孕激素不足会导致不孕的现象发生，建议也在排卵之后口服。而在怀孕期间使用孕酮是为保胎治疗，一般是在有腹痛且阴道出血表现比较轻微，也就是先兆临产时开始服用。
服用孕酮期间患者必须要多休息，且要多注意自己的卫生，养成较好的卫生习惯。长期用药需注意检查肝功能，特别注意乳房检查。
