跑步时右心房疼可能是因为运动量过大、肋软骨炎、肥厚性心肌病等原因导致，可通过一般治疗、使用药物、手术等方法治疗，具体分析如下：
1、运动量过大
跑步的时候如果运动量过大可能导致心脏负荷过重，引发心肌缺血和疼痛等症状，运动时需要量力而行，如出现身体部位不适，还需要多休息。
2、肋软骨炎
肋软骨炎是由于肋骨与肋软骨连接处的软骨组织发生炎症所致，炎症刺激神经末梢，导致疼痛。患者可在医生的指导下使用双氯芬酸钠缓释片、泼尼松片等非甾体抗炎药、激素类药物治疗。
3、肥厚性心肌病
肥厚性心肌病是由于心肌增厚导致心脏结构和功能异常而引起的一种心脏疾病。运动时由于运动量加大，可能导致心脏负荷加重，引发心肌缺血和疼痛等症状。患者可通过室间隔切除术、室间隔消融术等方法治疗。
除以上原因，还有可能是因为先天性心脏病、心力衰竭、心包肿瘤等原因导致。引起局部病变因素较多，还需要引起重视，及时就诊。
