益生菌一停就拉肚子可能是生理因素导致的，也可能是病理因素导致的，如肠道菌群失调症、消化不良等。具体分析如下：
一、生理因素
如果在日常饮食方面经常食用油腻性食物，便可能造成进食后，肠道内容物无法被正常消化吸收，出现益生菌一停就拉肚子的情况。属于正常的生理现象，调节饮食结构便能缓解。
二、病理因素
1、肠道菌群失调症
如果自身患有肠道菌群失调症。停止使用益生菌之后，可能会造成胃肠道内的菌群再次出现失衡状态，无法正常维持胃肠道功能，从而产生上述症状，此时需要继续使用益生菌，对胃肠道进行调节。
2、消化不良
若是自身胃肠动力障碍，或受到幽门螺杆菌感染，可能导致机体消化不良，从而产生上述情况，可以遵医嘱使用多潘立酮片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。
除此之外，益生菌一停就拉肚子可能是慢性胃炎、阑尾炎、胃溃疡等导致的。建议患者在进行治疗时积极配合。
