月经第三天肚子疼可能是生理性原因或患有盆腔炎、卵巢囊肿等病理性原因造成的，建议及时就医，遵医嘱进行针对性治疗，具体方法如下：
一、生理性原因
如果在月经前经常进食过于生冷的食物，就可能会使寒气在体内累积引起小腹疼痛，但一般无需进行特殊治疗，多数会随着经期结束逐渐进行缓解。
二、病理性原因
1、盆腔炎
盆腔在受到病毒、细菌感染引起炎症时，就可能会使腹部因长期受到炎症刺激，导致在经期出现疼痛。建议在医生指导下通过使用阿奇霉素、氧氟沙星、甲硝唑等药物进行抗感染治疗。
2、卵巢囊肿
卵巢囊肿较大或位置不当，对周围器官或神经造成压迫时会引起疼痛感，特别是在月经第三天，子宫内膜在剥落过程中会使疼痛感加剧。疼痛严重的可遵医嘱通过行腹腔镜手术治疗。
除此之外，在患有子宫内膜异位症时，也可能会引起月经期间肚子疼，应及时在医生指导下进行改善。
