固然试管婴儿的成功率已经在逐年提升，但是仍有失败的案例，有不少患者都是在试管移植时遭受了失败。为什么植入的胚胎不能着床成功，一直是治疗不孕不育症的专家、生殖医学科学家及不孕不育相关从业人员极想知道的问题。
在一次有关试管婴儿移植失败的调研会上，经过不孕症专家及生殖科学家的研究，胚胎着床失败的原因可归纳下列：
1、子宫内膜接纳胚胎的能力下降：
(1)子宫构造不正常：如：子宫先天性发育畸形(双角子宫、子宫纵膈)、子宫内膜息肉、子宫内膜炎以及子宫腔内肌瘤。子宫肌瘤如果长在子宫肌层，离子宫腔一公分以上，并且肌瘤大小不超过5公分则不会影响试管婴儿助孕的怀孕率。
(2)子宫内膜薄：曾经因为流产做过子宫搔刮术、月经不正常(持续月经来潮)或者血液循环不好，都会造成子宫内膜薄。到底子宫内膜多厚才能让胚胎着床成功，如今为止，尚无定论，只是子宫内膜厚壁子宫内膜薄怀孕率高这是不争的事实。有研究子宫内膜厚度在12mm比较适宜怀孕。
(3)子宫腔持续积水：输卵管水肿及不通会造成子宫腔积水，这是因为输卵管的积水因输卵管伞部(尾端)阻塞，造成输卵管内的积水往子宫腔流之故。持续性的子宫腔积水会造成胚胎着床失败。但多囊性卵巢症患者在他们接受排卵药物刺激之后，偶尔也会引起子宫腔积水，但不造成着床不易(失败)的问题。
(4)子宫内膜分泌的黏性蛋白的品质不好或是量不足或是子宫腔内某种细胞素的量太少或者太多，都会影响胚胎的着床成功以及否。比方说一种蛋白称为αVβ3，在胚胎着床(排卵后六天)前后，子宫内膜细胞会制造并释放。如果在胚胎着床期，这种蛋白制造或者释放少，会引起胚胎着床失败。细胞素，比方说间白素1β(Interleukin(1L)-1β)太高或干扰素-Y太低也会引起胚胎着床失败。
(5)有自体免疫疾病或有偶血栓形成体质以及习惯性流产有关是不争的事实，但以及胚胎重复着床失败是否有关联，如今还没定论。比方说抗磷脂综合征是以后总自体免疫反应疾病，即紫红色的免疫细胞对身体细胞膜或者任何微小器官上的膜磷类化学物质产生抗体，然后经由抗原抗体反应破坏细胞组织。抗磷脂综合征以及习惯性流产有关，但以及胚胎着床失败的关系则有待确定。
