菠萝蜜籽发芽了一般也是还能吃的，但通常不建议食用，因为菠萝蜜籽发芽后虽然并不会产生有毒成分，但会消耗大量的养分，口感也相对较差。
菠萝蜜籽发芽通常是由于放置的时间过长且未做好保鲜造成的，此时就会导致菠萝蜜籽中的水分流失，使其出现干瘪。而且菠萝蜜籽在发芽时需要从果核中吸取大量的养分，导致营养成分流失，不能为人体提供有效的营养成分。
菠萝蜜籽在吃不完时一定要注意将其用保鲜膜密封，然后放置在冰箱中进行保存，防止变质。同时菠萝蜜籽在发芽后，部分体质相对较为敏感的患者不建议食用，否则就可能会导致有过敏现象产生，造成腹泻、皮肤潮红、呕吐等症状出现。
另外，在食用已经发芽的菠萝蜜籽时，一定要注意先将其煮熟，以避免对肠胃道造成刺激。
