通常情况下，正确适量食用南瓜子不会对身体健康造成太大的影响，但若长期过量食用可能会造成血脂的升高、肥胖以及上火等不良后果。
炒熟的南瓜子中含有很多脂肪，相比于正常的饮食可能会过于油腻，长期大量食用可能会造成较多的脂肪在人体内部的堆积，从而导致身材肥胖和血脂的升高。若本身患有高血脂或脂肪肝等其他疾病的人建议避免食用南瓜子，以免导致自身病情的加重。
此外，南瓜子虽性平味甘，但炒熟后比较干燥，热性比较大。经常过量食用可能会造成身体上火，从而导致喉咙肿痛、口腔溃疡或者牙龈肿痛的症状。建议可以适当搭配一些下火蔬菜食用缓解不适，如绿豆、苦瓜等。
